| 2011-11-09 -- Talk: Alignment-free Classification and Comparison of Biological Sequences and Structures | Link Material |
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Description: Similarity of sequences is a key mathematical notion for Classification and Phylogenetic studies in Biology. It is currently primarily handled using alignments. However, the alignment methods seem inadequate for post-genomic studies since they do not scale well with data set size and they seem to be confined only to genomic and proteomic sequences. Therefore, alignment-free similarity measures are actively pursued. Those measures offer the additional advantage of being applicable to structural data, as long as the structure is encoded into a string. A series of recent ground-breaking results have given evidence that those techniques are valid alternatives to classic methods, based on alignments, for classification and comparison of biological sequences and structures. In this talk, the state of the art in this area is presented. In depth attention will be given to the Universal Similarity Metric, a methodology based on Kolmogorov Complexity. In particular, the first set of extensive quantitative experiments showing that USM is successfully applicable in Biology will be presented.
Authors: Prof. Raffaele Giancarlo, Dipartimento di Matematica ed Informatica, Universita' di Palermo |
| 2011-03-17 -- Riproduzione sessuale/asessuale: un modello computazionale per analizzarne i vantaggi evolutivi e il comportamento in un ambiente variabile | Link |
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Description: La quasi totalità dei vertebrati si riproduce sessualmente. Tuttavia ci sono esempi, in particolare tra i rettile e i pesci, di riproduzioni asessuali (normalmente chiamate partenogenesi e ginogenesi). Ci sono inoltre vertebrati che sono in grado di riprodursi in entrambi i modi. Mediante questo lavoro cerchiamo di capire i vantaggi dei due tipi di riproduzione per una popolazione che vive in un ambiente che cambia rapidamente. A questo scopo gli individui vengono rappresentati mediante il loro genotipo e viene data una funzione di fitness di ciascun individuo rispetto al’ambiente. Viene quindi investigata, mediante simulazioni stocastiche, il comportamento di due popolazioni che competono per le stesse risorse e che hanno tipi di riproduzione diversi: sessuale, asessuale e mista.
Authors: prof. Roberto Barbuti, Universita' di Pisa |
